Дэн, Маручо и Шун попадают в войну между двумя планетами Нифией и Гандэлией. Гандэлия использует бакуганов и людей в войне для того чтобы покорить Нифию. Они объединяют свои усилия с тремя новыми бойцами: принцессой Нифии Фабией, другом Дэна — Джейком и гандэлианцем Рэном, чтобы остановить воинов Гандэлии и Двенадцать приказов, а также спасти от уничтожения Нифию и возможно Землю.